立法院在延宕351天後，才在8月14日三讀通過今年度中央政府總預算，而至今又尚未把三讀的總預算送到行政院，等於今年總預算延宕375天，已超過一年。由於立法院延宕，且針對性刪減，讓行政院院本部的預算，超支近256萬元，政院人士表示，由於預算一直延宕，將按照預算法規定，依法列支相關費用。
由於立法院延宕審查，行政院依照「預算法」第54條，在總預算仍未通過前，依照上年度的執行數繼續執行，不過，立法院卻針對性對行政院院本部的預算刪減，其中「施政推展聯繫」部分，法定預算數被刪掉只剩61.5萬元，但已執行152.6萬元（含實支107.6萬元及預付45萬元），差額91.1萬元；此外，「人權及轉型正義」部分，法定預算數被刪到0元，但已執行164.8萬元，差額164.8萬元。
政院人士表示，在預算未通過、總統還未公布前，依照「預算法」規定所辦理的相關經費支用，是以工作計畫或業務計畫作為預算執行控管。因此各機關工作計畫執行數，如沒超過刪減後法定預算數，就不算超支，至於各二級用途別，如特別費、國外旅費等科目細項，則在其工作計畫總數內容納支應。
對於超支256萬元，該如何處理？政院人士指出，由於總預算一直沒審完，且至今尚未送行政院，所以行政院會依照「預算法」54條規定，依法列支相關費用，「施政推廣聯繫費」列支152.6萬元、「人權及轉型正義」列支164.8萬元，而未來在決算上，這兩筆款項會列為「暫付款」。
藍白在2024年掌握立法院多數後，每年都對總預算惡意刪減。行政院院本部114年預算編列15億元，遭立院凍結5億元，近日遭國民黨立委質疑擅用已凍結經費，對此，行政院已強調，尊重立法院預算決議，所有預算經費動支也都合乎法規及法定程序辦理，當時遭提案凍結5億元未指定科目，因此將凍結額度配置在人事費，但人事費必須依法支用，藉以辦理必要人事支出。
