國立清華大學與國立新竹教育大學2016年合校後，原竹教大應用科學系副教授黃琇珍申請升等教授案，也因系所整併改由過渡機制審查。黃女最終以0.99分之差，未能達到升等門檻。黃女主張外審委員遴選、教評會組成及評分程序均有瑕疵，提起行政訴訟要求撤銷原處分並准其升等。台北高等行政法院審理後認定審查程序並無違法，判黃女敗訴。可上訴。
判決指出，黃琇珍原任職於竹教大應用科學系生命科學組副教授，2016年10月申請升等教授，同年11月竹教大與清大合併，原應科系停止招生，黃女被歸置於師資培育中心。過去黃女曾主張，應歸屬分子醫學研究所，並為此提起行政訴訟，但遭最高行政法院判決敗訴確定。
黃女當時選擇適用合校計畫中的「過渡期模式」，由特別學術審查委員會辦理升等審查。系特審會審查後認定，她原自評教學服務成績87.6分，但部分項目未提出佐證資料，經通知補件後仍未補正，最終核定教學服務成績76.7分。
之後升等案進入著作外審程序，3名校外學者分別評定80分、80分及76分。院特審會依規定採較高2名外審委員成績，與教學服務成績加權計算後，黃女綜合成績為79.01分，未達80分通過標準，因此決議升等不通過。
黃女提出訴願後被駁，遂提起行政訴訟，主張院著作外審小組組成不符規定、外審委員推薦程序違法，部分教評會及特審會委員資格也有疑義；此外，外審委員在審查時提及其論文發表期刊《Oncotarget》遭SCI除名，並非以她申請升等時的學術研究成果為評價基礎，已影響審查結果。
法院指出，大學教師升等涉及學術專業判斷，屬大學自治範疇，法院主要審查程序是否合法。合議庭認為，本案依合校計畫及相關規定組成特審會辦理審查，外審委員遴選及推薦程序均未違法；至於教學服務成績部分，依規定須由申請人提出佐證資料，黃女經通知後未補件，校方據此核定分數亦無不當。
至於外審委員提及《Oncotarget》遭SCI除名部分，法院認為外審意見主要仍是針對研究主題、研究方法、學術與實務貢獻等內容進行專業評價，並非以SCI點數作為評分基礎，難認審查有違法情形，故法駁回黃女之訴。全案仍可上訴。
